Der Rumpfbereich beginnt mit den paarigen Brustflossen, die in der Regel im Bereich oder hinter der letzten Kiemenspalten ansetzen. An der Bauchseite folgen diesen die ebenfalls paarigen Bauchflossen, die bei den Männchen mit den paarigen Klaspern, den Kopulationsorganen der Haie, verbunden sind. Auf der Rückenseite befinden sich in der Regel zwei hintereinanderliegende und unpaare Rückenflossen, bei denen häufig (vor allem bei den danach benannten Dornhaien) jeweils ein Rückenflossendorn ausgebildet ist. Bei den meisten Haiarten ist die erste Rückenflosse deutlich größer als die zweite, die meistens im Bereich des Schwanzstiels liegt und bei einzelnen Arten auch fehlen kann. Auf der Bachseite des Schwanzstiels befindet sich zudem sehr häufig eine unpaare Afterflosse. Schnellschwimmende Haiarten haben zudem seitlich ausgebildete Kiele am Schwanzstiel.
Verschiedene Schwanzformen bei Haien
Die Schwanzflosse besteht aus einem oberen und einem unteren Flossenlappen (Loben), wobei der untere Lobus häufig deutlich kleiner ist als der obere. Dies ist insbesondere bei bodenlebenden Arten wie den Katzenhaien aber auch bei vielen Arten des Freiwassers, etwa Hammerhaien oder vor allem den Fuchshaien der Fall. Letztere besitzen einen deutlich verlängerten oberen Schwanzlobus, der bei der Jagd eingesetzt wird. Bei schnellschwimmenden Arten wie den Makohaien oder dem Weißen Hai ist der Schwanz dagegen fast symmetrisch.
Schädel und Achsenskelett
Das gesamte Skelett der Haie besteht aus hyalinem Knorpel, der nur bei größeren und älteren Tieren in einigen Bereichen der Kiefer und der Wirbelkörper Verkalkungen (Kalzifizierungen) aufweist. Der Schädel besteht aus einem Hirnschädel (Neurocranium), der das Gehirn enthält, sowie dem Gesichtsschädel (Viscerocranium); Deckknochen sind bei rezenten Knorpelfischen nicht ausgebildet.
Der Hirnschädel besteht aus einer einheitlichen Knorpelkapsel, die in verschiedene strukturelle Bereiche unterteilt werden kann. Der vordere Bereich wird durch das Rostrum gebildet, dass die Schnauzenform des Hais bildet. Ihm schließen sich die paarigen Nasenkapseln an, die nach ventral geöffnet und dorsal über die Internasalplatte verbunden sind. Es folgen das Dach der Hirnhöhle, das zwischen der großen vorderen Fontanelle und der hinteren Fossa parietalis liegt, die Boden- oder Basalplatte der Hirnkapsel zwischen der Internasalplatte und dem Hinterhaupt, sowie die beiden Augenhöhlen (Orbitae). Nach hinten wird der Hirnschädel durch die beiden Ohrkapseln mit den Gelenkflächen für das Hyomandibulare sowie die Hinterhauptsregion (Occipitalregion) mit dem Foramen magnum und den dem Übergang zur Wirbelsäule abgeschlossen. Diese Verbindung ist starr und besitzt kein bewegliches Hinterhauptsgelenk zur Vertikalbewegung des Kopfes gegenüber dem Rumpf.
Kiefer eines Tigerhais: Der Oberkiefer wird vom Palatoquadratum und der Unterkiefer vom Mandibulare gebildet.
Dem Gesichtsschädel werden die beiden Kiefern (Kieferbogen), der Hyoidbogen und die daran anschließenden Kiemenbögen zugeordnet. Außerdem gehören der Lippenknorpel, die Kiemenstrahlen und die Extrabranchialia zu diesem Kopfteil. Die beiden zahntragenden Kieferteile – dorsal das Palatoquadratum als Oberkiefer und ventral das Mandibulare als Unterkiefer – liegen unterhalb des Hirnschädels und können durch einzelne Fortsätze des Palatoquadratums im Bereich der Nase und der Augenhöhlen mit diesem verbunden. Die einzelnen Kieferäste sind über eine Symphyse beweglich miteinander verbunden. Eine gelenkige Verbindung der Kiefer mit dem Hirnschädel besteht bei den meisten Haien indirekt über das Hyomandibulare im Bereich der Ohrkapseln (Hyostylie), wodurch eine hohe Beweglichkeit des gesamten Kiefers erreicht wird; die einzelnen Kieferteile lassen sich unabhängig voneinander absenken und vor- und zurückschieben. Bei dem Kragenhai und vielen fossilen Haien liegt der Oberkiefer dagegen breit am Hirnschädel an und ist zweifach über das Palatoquadratum und das Hyomandibulare mit diesem verbunden (Amphistylie).
Die Wirbelsäule bildet das Achsenskelett der Haie. Sie besteht aus einer wechselnden Anzahl von sanduhrförmigen Wirbelkörpern, die von 60 Einzelwirbeln bei dem Zwergdornhai (Squaliolus laticaudus) bis 477 bei den Fuchshaien (Alopias) reichen kann. Dabei liegt die Anzahl der Wirbel in der Rumpfwirbelsäule zwischen 44 beim Zwergdornhai bis etwa 150, die Anzahl der Schwanzwirbel kann von 12 beim Zwergdornhai bis zu mehr als 300 in der stark verlängerten Schwanzflosse der Fuchshaie reichen. Bei einzelnen Arten variiert die Anzahl auch zwischen verschiedenen Populationen, so etwa beim Dornhai (Acanthias vulgaris), dessen atlantische Population 79 bis 85 und die pazifische Population nur 68 bis 76 Rumpfwirbel besitzt. Ab etwa dem Beckengürtel kommt es bei den Haien und einzelnen Rochen zu einer Verdopplung der erkennbaren Knorpelelemente der einzelnen Wirbelkörper (Diplospondylie), durch die die Beweglichkeit des Schwanzstiels und der Schwanzflosse erhöht wird.
Haihaut und Beschuppung
Während die Knochenfische Elasmoid- oder Ganoidschuppen tragen, haben die Haie so genannte Placoidschuppen, die im Revolvergebiss als Zähne beginnen und sich vom Maul über den ganzen Körper ausbreiten. Die Zähne verkleinern sich und werden als Hautzähnchen fortgesetzt, die bei den Haien im Gegensatz zu den Rochen eine fast vollständigen Körperumhüllung bilden.
Die Haischuppen sind so ausgerichtet, dass sich die Haut glatt anfühlt, wenn man dem Hai vom Kopf zum Schwanz über den Rücken streicht. Umgekehrt fühlt sich die Haut rau an. Des Weiteren verfügen die einzelnen Schuppen über eine Rillenstruktur, die sich nahtlos über den gesamten Haikörper erstreckt. Die Rillenstruktur (s. g. Riblets) verringert den Oberflächenwiderstand. Durch die Rillen entstehen viele kleine Wasserwirbel. Diese verringern die seitlich gerichteten Kräfte der turbulenten Strömung und setzen die Reibungswirkung herab. Dieser Effekt funktioniert jedoch nur beim schnellen Schwimmen; beim langsamen Schwimmen sind glatte Oberflächen günstiger. Der Haihaut-Effekt zählt neben dem Lotus-Effekt zu den bekanntesten Erkenntnissen der Bionik. Der Effekt wird zur Verringerung des Reibungswiderstands und damit des Treibstoffverbrauchs für Schiffe, U-Boote und Flugzeuge genutzt.
Sinnesorgane
Die Augen eines Hais sind zehn Mal so lichtempfindlich wie die eines Menschen und die meisten Haiarten besitzen Farbsehvermögen. Durch die an den Kopfseiten befindlichen Augen kann fast in alle Richtungen beobachtet werden. Bei Angriffen schützen Haie ihre Augen durch eine Nickhaut, die sich wie ein Augenlid schützend vor das Auge schiebt, oder durch Verdrehen der Augen nach hinten. Die Zahl der Stäbchen (Schwarz-Weiß-Sehen) überwiegt, was die Sehfähigkeit bei schlechten Lichtverhältnissen erhöht. Eine weitere Anpassung an das Dämmerungslicht wird durch das Tapetum lucidum erreicht. Dieses besteht aus einer Schicht winziger spiegelähnlicher Kristalle. Da es hinter der Netzhaut liegt, wirft es das durch die Netzhaut gelangte Licht wieder auf die Rezeptoren zurück.
Der Kopf der Hammerhaie ermöglicht wahrscheinlich eine bessere olfaktorische Wahrnehmung durch den vergrößerten Abstand der Nasenlöcher
Die Geruchsorgane der Haie liegen seitlich vorne an der Schnauze. Das Riechzentrum kann bis zu zwei Drittel der Gehirnmasse ausmachen. Haie können so Blut in milliardenfacher Verdünnung wahrnehmen. Der Hai wittert seine Beute schon aus großer Entfernung (über 75 m), auch wenn kein anderer Sinnesreiz Informationen liefert. Durch ständige Kopfbewegung („Pendeln“) folgt er dieser Geruchsspur bis zum Ziel. So genannte Schneidersche Falten kanalisieren das einströmende Wasser so, dass die Nasengruben ständig von Wasser umspült werden. Eine Nasengrube ist durch eine Membran nochmals in zwei Abschnitte unterteilt, je eine für ein- und ausströmendes Wasser. Die innere Oberfläche ist gefaltet, wodurch die rezeptive Fläche vergrößert wird. Selbst ein blinder Hai findet so zielsicher sein Futter. Die Geschmacksknospen befinden sich im Gaumenbereich. Der Hai entscheidet beim Beißen, ob eine Beute genießbar ist oder wieder ausgespuckt wird. Über die gesamte Haut des Hais, bis auf die Augen und die Flossen, sind auch Geschmacksknospen verteilt; durch Anstupsen und Reiben an einer Beute kann daher ebenfalls der Geschmack wahrgenommen werden.
Das Gehör ist einfacher ausgeprägt als bei Landtieren. Die Ohren befinden sich an beiden Seiten des Gehirnschädels, von außen ist nur eine kleine Pore sichtbar. Haie reagieren im Bereich der niederfrequenten Töne, also unter etwa 600 Hz (zum Beispiel zappelnder Fisch, singende Wale, grunzende Seehunde, kämpfende Fische) und hochempfindlich auf pulsierende Schwingungen im 100-Hertz-Bereich, wie sie von kranken oder verwundeten Tieren produziert werden. Haie können tiefere Frequenzen hören als Menschen. Bereits Schallwellen ab 10 bis 800 Hz werden wahrgenommen. Das Gehör ist auch für den Gleichgewichts- und Orientierungssinn wichtig.
Das Seitenlinienorgan der Haie verläuft von der Kopfregion bis zur Schwanzspitze und dient – wie bei allen Fischarten – dazu, kleinste Schwingungen und Druckunterschiede im Wasser festzustellen. Es enthält in Gallerte eingebettete Sinneszellen. Diese können Wasserbewegungen in seiner nächsten Umgebung, also Druckunterschiede (durch Beutetiere, Gegner oder Hindernisse) entlang der Körperfläche registrieren. Haie können zudem elektrische Felder wahrnehmen, die andere Lebewesen durch Herzschlag, Muskelbewegungen oder Hirnströme generieren. Die Elektrosensoren der Haie sind die Lorenzinischen Ampullen. Haie sind auch empfindlich gegenüber dem Magnetfeld der Erde, das sie zum Navigieren benutzen. So können sie nach Abwesenheit in bestimmte Regionen wieder zielgenau zurückkehren.